ทรู อะคาเดมี่ แฟนเทเชีย ซีซั่นที่ 3 (ชื่อเดิม : ยูบีซี อะคาเดมี่ แฟนเทเชีย ฤดูกาลที่ 3) จัดระหว่างวันที่ 3 กรกฎาคม - 9 กันยายน พ.ศ. 2549 เป็นครั้งแรกที่มีผู้เข้าแข่งขันเริ่มต้นจำนวนทั้งสิ้น 13 คน เนื่องจากมีฝาแฝดเข้าสู่บ้านและได้ใช้รหัสเดียวกัน คือ V3 แอปเปิ้ล-เชอรี่ โดยสิทธิต่างๆ จะเหมือนกับคนอื่นทุกประการในรหัสเดียวกัน ซึ่งเป็นครั้งแรกที่มีการถ่ายทอดสดคอนเสิร์ตประจำสัปดาห์ ทุกวันเสาร์ เวลา 21.00 น. - 23.30 น. ทางโมเดิร์นไนน์ทีวี